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新疆理工学院的王牌专业包括：

1. 通信工程 ：该专业是国家级一流专业建设点。

2. 物流工程 ：该专业是自治区级一流专业建设点。

3. 过程装备与控制工程 ：该专业也是自治区级一流专业建设点。

这些专业在教学质量和就业前景方面都有很好的表现，建议考生在填报志愿时优先考虑这些专业。